Відповідно до Положення "Про наукову діяльність заповідників і національних природних парків України" та Положення "Про Яворівський національний природний парк", наукові дослідження проводяться з метою розробки наукових основ охорони, відтворення та оптимального використання природних ресурсів, запровадження моніторингу природного середовища.

Головною науково-дослідною темою є ведення "Літопису природи",  згідно з методичним посібником (Андрієнко Т.Л., Попович С.Ю., Парчук Г.В. та ін. "Програма Літопису природи для заповідників та національних парків", 2002 р.).

Яворівський національний природний парк, відповідно до покладених на нього завдань, проводить наукові дослідження, спрямовані на виконання програми "Літопису природи":

• ведення систематичних спостережень за сезонними явищами природи, аналіз метеорологічних даних;
• інвентаризація флори і фауни на території Яворівського національного природного парку та на територіях, прилеглих до парку;
• виявлення та картографування нових локалітетів рідкісних видів рослин і тварин;
• картування місць поширення інвазійних видів рослин на території парку;
• дослідження поширення, структури популяцій, особливостей розмноження рідкісних видів рослин, занесених до Червоної книги України;
• моніторинг чисельності і просторового розподілу мисливських ссавців регіону Розточчя; 
• інвентаризація фауни хребетних тварин на території БР "Розточчя";
• вивчення антропогенного впливу і рекреаційного навантаження (фактору турбування) на стан популяцій рідкісних і фонових видів ссавців парку та прилеглих територій;
• вивчення впливу рекреаційної та господарської діяльності на екосистеми парку;
• вивчення екологічних груп рослин.

У складі Яворівського національного природного парку функціонує науково-дослідний відділ, фахівці якого безпосередньо виконують наукові дослідження. До виконання вузькоспеціалізованих науково-дослідних робіт залучаються спеціалісти інших наукових установ.